La mitad de la población de la tierra ha muerto en una guerra mundial no nuclear. Después del alto el fuego, nace una nueva nación: OLIMPO, una ciudad neutral, y faro de esperanza para la humanidad. En la ciudad-estado de Olimpo habitan humanos, Cyborgs y Bioroides, seres humanos creados artificialmente con los rasgos emocionales suprimidos, cuya finalidad es mantener el orden entre los humanos en la ciudad. Año 2138, Deunan y Briareos son miembros del equipo de ES.W.A.T. de Olimpo, una agencia paramilitar que mantiene la paz y seguridad públicas. Los dos protagonistas mantienen una relación más allá del campo de batalla, anterior a que Briareos se convirtiera en un cyborg debido a las heridas que sufrió en la guerra. Briareos, que tiene solamente 25% de su cuerpo original, es el amor de Deunan, que lo ve como si nunca hubiera cambiado.

Año 2032. La sociedad se encuentra completamente computerizada y la línea que separa a los humanos de las máquinas se ha difuminado hasta hacerse prácticamente indistinguible. Tras la desaparición de la Mayor Motoko Kusanagi, Batou, detective cyborg de la Sección 9 de Seguridad Pública, investiga una serie de homicidios cometidos por prototipos de androides diseñados para el sexo. Lo que comienza como la búsqueda de un asesino acaba convirtiéndose en la lucha desesperada de un hombre por aferrarse a lo que le queda de humanidad. Lo único que conserva el cibernetizado Batou de su humanidad es el cerebro y el recuerdo de una mujer. De algún modo, está seguro de que ella continúa viva en algún lugar de la inmensidad de la Red…