Año 2032. La sociedad se encuentra completamente computerizada y la línea que separa a los humanos de las máquinas se ha difuminado hasta hacerse prácticamente indistinguible. Tras la desaparición de la Mayor Motoko Kusanagi, Batou, detective cyborg de la Sección 9 de Seguridad Pública, investiga una serie de homicidios cometidos por prototipos de androides diseñados para el sexo. Lo que comienza como la búsqueda de un asesino acaba convirtiéndose en la lucha desesperada de un hombre por aferrarse a lo que le queda de humanidad. Lo único que conserva el cibernetizado Batou de su humanidad es el cerebro y el recuerdo de una mujer. De algún modo, está seguro de que ella continúa viva en algún lugar de la inmensidad de la Red…