Un grupo de investigadores desaparece en las montañas de Turquía, donde, según la Biblia, cayó el Arca de Noé. Se llaman Spriggan y pertenecen a una organización que busca los enigmas de antiguas civilizaciones. A la vez, desaparecen tres satélites militares estadounidenses. Meses más tarde, en Japón, un Spriggan recibe un mensaje-bomba anónimo. Va a empezar una guerra que determinará la supervivencia de la humanidad.

Chihiro es una niña de diez años caprichosa y testaruda que cree que el universo entero debe someterse a sus deseos. Cuando sus padres, Akio y Yugo, le dicen que tienen que cambiar de casa, se enfurece sin ocultar sus sentimientos. Rumbo a su nuevo hogar, la familia se equivoca de camino y aparece al final de un misterioso callejón sin salida. Allí se yergue un edificio rojo con un interminable túnel en el centro que conduce a un pueblo fantasmal donde les espera un magnífico banquete. Akio y Yugo se lanzan sobre la comida. Chihiro mira a sus padres, que siguen devorando plato tras plato, cuando de repente son transformados en cerdos. Sin querer han entrado en un mundo habitado por dioses antiguos y seres mágicos, dominado por la diabólica Yubaba, una arpía hechicera, quien le explica a Chihiro que a los intrusos los transforman en animales y después los matan para comerlos.