Estamos en una época donde todas las conciencias se han convertido en una combinación de fotones y electrones, unidos en una gran red. El mundo se encuentra totalmente computerizado, seres humanos con interfaces y cerebros artificiales se funden con máquinas alcanzando un nuevo nivel de existencia entre el mundo físico y la red digital. Los individuos solitarios que aún no han sido convertidos en datos, son componentes únicos de un complejo mucho más grande. Para combatir los crímenes relacionados con las nuevas tecnologías ha sido creada la Sección 9, una fuerza de choque antiterrorista con individuos “mejorados” capaces de perseguir toda clase de criminales tanto en el mundo real como en el virtual.

Año 2032. La sociedad se encuentra completamente computerizada y la línea que separa a los humanos de las máquinas se ha difuminado hasta hacerse prácticamente indistinguible. Tras la desaparición de la Mayor Motoko Kusanagi, Batou, detective cyborg de la Sección 9 de Seguridad Pública, investiga una serie de homicidios cometidos por prototipos de androides diseñados para el sexo. Lo que comienza como la búsqueda de un asesino acaba convirtiéndose en la lucha desesperada de un hombre por aferrarse a lo que le queda de humanidad. Lo único que conserva el cibernetizado Batou de su humanidad es el cerebro y el recuerdo de una mujer. De algún modo, está seguro de que ella continúa viva en algún lugar de la inmensidad de la Red…

La leyenda del último samurai nació cuando tras haber sido uno de los principales artífices del nacimiento de la era Meji, Kenshin prometió no volver a matar y vagabundeó por todo Japón defendiendo a los más débiles con su espada de filo invertido. Pero todas las leyendas tienen un final...

Durante un viaje a Yokohama Kenshin entabla amistad con un guerrero llamado Shigure, casualmente en la guerra civil que precedió el nacimiento de la era Meji ambos se encontraban luchando en diferentes bandos. En la actualidad parecen compartir el mismo desprecio por la violencia que el conflicto armado generó, pero las verdaderas intenciones de Shigure son dar un golpe de estado y acabar con el corrupto e inestable gobierno de la era Meiji. Con el objetivo de impedir un nuevo derramamiento de sangre, Kenshin pone rumbo hacia Tokio. Allí descubrirá que los fantasmas de su pasado aún le persiguen y se verá obligado a participar en un duelo donde uno de los mejores espadachines de Japón, Morirá..

Metropolis es una grandiosa ciudad habitada por humanos y robots, los cohabitantes de una sociedad estrictamente segmentada. En medio del caos creado por facciones de robots, el detective Shunsaku Ban y su secuaz Kenichi buscan al rebelde científico, Dr. Laughton, para arrestarle y quitarle su última creación, Tima, una preciosa joven.