En un mundo de oscuridad y muerte, sólo un cazador se atreve a poner fin al control que los vampiros ejercen sobre los humanos. Una bella muchacha, Doris, ha sido escogida por el conde Magnus Lee para ser su entretenimiento temporal. Debido a las marcas de su cuello el pueblo la desprecia y mas de uno querría verla muerta. En su desesperación, Doris está dispuesta a dar su vida por un enigmático cazador llamado "D" quien puede ser su única salvación. Antes de que "D" pueda llevar a cabo sus planes, el conde secuestra a Doris y el cazador no tendrá más remedio que entrar en el castillo del conde para rescatarla.

Japón, 1945, las tropas americanas están a punto de ocupar Japón. Seita y su hermana pequeña, huérfanos y sin hogar tras un ataque aéreo, se ven obligados a sobrevivir sin recursos en una ciudad donde apenas llegan las raciones de comida y la esperanza se convierte en desesperación.

En el año 2029 la sociedad está computerizada hasta límites insospechados, es un mundo gobernado por la tecnología. Uno de los mayores avances consiste en unos implantes cerebrales que convierten a los seres humanos en auténticas computadoras andantes. De esta manera, se produce una fusión entre la conciencia y los programas insertados que dan paso a lo que se conoce como "espíritu": un nuevo paso evolutivo que, sin embargo, despersonaliza por completo a las personas. En este mundo futuro apenas existe diferencia entre humanos y máquinas. Uno de estos humanos con "espíritu" incorporado es Makoto Kusanagi, una agente secreto especializada en actividades anti-terroristas que tiene como misión cazar a un peligroso pirata informático. Cuando descubra su verdadera identidad, su vida y todo lo que conoce cambiará para siempre..

Un grupo de investigadores desaparece en las montañas de Turquía, donde, según la Biblia, cayó el Arca de Noé. Se llaman Spriggan y pertenecen a una organización que busca los enigmas de antiguas civilizaciones. A la vez, desaparecen tres satélites militares estadounidenses. Meses más tarde, en Japón, un Spriggan recibe un mensaje-bomba anónimo. Va a empezar una guerra que determinará la supervivencia de la humanidad.

La guerra estalla en Oriente Media cuando las Armaduras Tácticas son introducidas en el ejército por 2 fuerzas opuestas. Yushiro es el hijo menor de la poderosa familia Gowa de Japón, y es enviado a la guerra como piloto de una de estas máquinas. En las fuerzas enemigas se encuentra con Miharu, otra piloto de Armadura Táctica como él. Pero ¿dónde lo ha visto antes? ¿Qué conexión tiene con su pasado? ¿Por qué Miharu no quiere que se una a Gasaraki? A medida que el destino complica sus respectivas misiones, deberán buscar juntos las respuestas ocultas en el fondo de su mente.