Los Patlabor son robots-policías pilotados por seres humanos que se encargan de velar por la paz y la seguridad. Tras unos años de perfecto funcionamiento en todas las unidades, las noticias de labors descontrolados y con problemas empiezan a alertar a las autoridades de Tokio.

Sucesos terribles están ocurriendo alrededor de la bahía de Tokio. Los detectives Kusumi y Hata están trabajando en el caso. Su investigación les revelará que los militares japoneses y americanos tienen un papel muy importante en este asunto. Por otro lado, Kusumi empieza a sospechar que la nueva novia de Hata, una bióloga, pueda tener que ver con el caso.