En el año 2015 la humanidad se enfrenta a la mayor amenaza jamás conocida: unos misteriosos seres denominados Ángeles que siembran el pánico y la destrucción allá por donde aparecen. Nadie conoce su origen ni sus motivaciones. La alerta se ha disparado a nivel mundial. Con el objetivo de frenar esta mortal amenaza, las Naciones Unidas han encargado a la organización secreta Nerv la creación de unos gigantes androides: los Evangelions. Con cinco pilotos al mando, se convertirán en el arma definitiva, lo único que separa a los seres humanos de la supervivencia o el total aniquilamiento. Es la batalla final entre la raza humana y los ángeles.

En el año 2015 la humanidad intenta recuperarse del segundo impacto, un catástrofe provocada por la caída de un meteorito en la Antártida años atrás. Tras sobrevivir al deshielo de los polos y a una inmediata sucesión de guerras sin fin, los seres humanos deben enfrentarse de nuevo a un nuevo y mortal peligro. Unos misteriosos seres denominados Angeles aparecen de improvisto llevando la destrucción por donde pasan. Para frenar esa amenaza el científico Gendoh Ikari ha desarrollado los Evangelion, unos gigantescos robots que se convierten en la última línea de defensa para la humanidad. Uno de los primeros pilotos escogidos recibe el nombre de tercer niño. Se trata del hijo de Gedoh.