En un futuro no muy lejano, el mundo se encuentra totalmente computerizado. Seres humanos con interfaces y cerebros artificiales se funden con máquinas alcanzando un nuevo nivel de existencia entre el mundo físico y la red digital. Para combatir los crímenes relacionados con las nuevas tecnologías ha sido creada una fuerza de choque antiterrorista con individuos "mejorados" capaces de perseguir toda clase de criminales tanto en el mundo real como en el virtual. La teniente cyborg Makoto Kusanagi y sus compañeros de la sección 9 deben resolver una delicada crisis de rehénes, detener un tanque de asalto de última generación fuera de control y determinar la causa de los misteriosos suicidios de una serie de robots obsoletos. Todo ello antes de afrontar el desafío sin precedentes del equipo pirata informático conocido como el "hombre que ríe".

Estamos en una época donde todas las conciencias se han convertido en una combinación de fotones y electrones, unidos en una gran red. El mundo se encuentra totalmente computerizado, seres humanos con interfaces y cerebros artificiales se funden con máquinas alcanzando un nuevo nivel de existencia entre el mundo físico y la red digital. Los individuos solitarios que aún no han sido convertidos en datos, son componentes únicos de un complejo mucho más grande. Para combatir los crímenes relacionados con las nuevas tecnologías ha sido creada la Sección 9, una fuerza de choque antiterrorista con individuos “mejorados” capaces de perseguir toda clase de criminales tanto en el mundo real como en el virtual.

Año 2032. La sociedad se encuentra completamente computerizada y la línea que separa a los humanos de las máquinas se ha difuminado hasta hacerse prácticamente indistinguible. Tras la desaparición de la Mayor Motoko Kusanagi, Batou, detective cyborg de la Sección 9 de Seguridad Pública, investiga una serie de homicidios cometidos por prototipos de androides diseñados para el sexo. Lo que comienza como la búsqueda de un asesino acaba convirtiéndose en la lucha desesperada de un hombre por aferrarse a lo que le queda de humanidad. Lo único que conserva el cibernetizado Batou de su humanidad es el cerebro y el recuerdo de una mujer. De algún modo, está seguro de que ella continúa viva en algún lugar de la inmensidad de la Red…