Año 2002, tres años después de los acontecimientos de Patlabor, la segunda sección debe investigar un nuevo y terrible hecho: la voladura del puente de la bahía de Yokohama. Las diferentes fuerzas políticas, militares y sociales se acusan mutuamente de querer provocar el caos en todo Japón. En un ambiente de crispación y comprobada fractura social, el ejército sale a la calle aumentando la temperatura peligrosamente. La segunda sección descubre que detrás de todos estos sucesos se encuentra una confabulación que amenaza con desestabilizar el extremo oriente. El estallido de una nueva guerra civil en Japón es sólo cuestión de tiempo a menos que alguien consiga desenmascarar a los conspiradores.