En el año 2015 la humanidad se enfrenta a la mayor amenaza jamás conocida: unos misteriosos seres denominados Ángeles que siembran el pánico y la destrucción allá por donde aparecen. Nadie conoce su origen ni sus motivaciones. La alerta se ha disparado a nivel mundial. Con el objetivo de frenar esta mortal amenaza, las Naciones Unidas han encargado a la organización secreta Nerv la creación de unos gigantes androides: los Evangelions. Con cinco pilotos al mando, se convertirán en el arma definitiva, lo único que separa a los seres humanos de la supervivencia o el total aniquilamiento. Es la batalla final entre la raza humana y los ángeles.

Mima es la cantante de un famoso grupo musical japonés. Ante la bajada de ventas de sus discos, el manager decide apartarla, dándole un papel en una serie de televisión. Mima entra en una profunda depresión que le lleva a replantearse su vida y su carrera. Pero las cosas se complican cuando descubre que toda su vida está al alcance de cualquiera en Internet y que alguien la está vigilando... Poco a poco se suceden una serie de hechos que incrementan sus dudas y recelos. Cuando la serie empieza a emitirse por televisión, Mima comprueba que la trama de la ficción se reproduce en su vida real... Sueño y realidad se confunden hasta el punto de cuestionarse su propia identidad. El desarrollo de los acontecimientos y su propia intuición llevarán a la protagonista a un desenlace absolutamente inesperado.

En el año 2015 la humanidad intenta recuperarse del segundo impacto, un catástrofe provocada por la caída de un meteorito en la Antártida años atrás. Tras sobrevivir al deshielo de los polos y a una inmediata sucesión de guerras sin fin, los seres humanos deben enfrentarse de nuevo a un nuevo y mortal peligro. Unos misteriosos seres denominados Angeles aparecen de improvisto llevando la destrucción por donde pasan. Para frenar esa amenaza el científico Gendoh Ikari ha desarrollado los Evangelion, unos gigantescos robots que se convierten en la última línea de defensa para la humanidad. Uno de los primeros pilotos escogidos recibe el nombre de tercer niño. Se trata del hijo de Gedoh.