Tras sortear infinidad de peligros, Spike y el resto de la tripulación del Bebop al fin comprenden que en el espacio nadie puede oir sus gritos. Una entidad de origen desconocido se ha introducido en la nave y uno por uno va acabando con todos los tripulantes. Mientras tanto, la sociedad del Dragón Rojo y el rebelde Vicious mantienen una débil tregua que muy pronto afectará a las vidas de Spike y todos aquellos que le rodean. Una vez fueron los mejores amigos, pero ahora Vicious y Spike han jurado un odio eterno que les llevará a un enfrentamiento final de imprevisibles consecuencias.

Mineko Negishi conocida como Nekko es aparentemente una chica normal y corriente pero tiene poderes psíquicos como los de una bruja. En una noche de luna llena con su amigo de Haruka Saiki, un chico con poderes de teletransportación, conoce a Keichiro, un chico capaz de transformarse en un león. Misteriosamente son transportados a otro mundo llamado El Reino Medio. Esta tierra está bajo el General llamado Duran III. Además, Mineko resulta ser la reencarnación de la legendaria Reina Nerula.