Cuando Shrek se desposó con la princesa Fiona, nunca pensaron en convertirse en los futuros monarcas del Reino de Lejos, Muy Lejos. Pero cuando el Rey Harold, su suegro, enferma, Shrek se ve obligado a buscar un heredero a la altura o tendrá que intercambiar su amado pantano por el trono. Con la ayuda de Asno y del Gato con Botas, Shrek parte a la búsqueda del legítimo heredero de la corona, el rebelde Artie, primo de Fiona. Entretanto, en Lejos, Muy Lejos, el despechado Príncipe Azul intenta tomar la ciudad con un ejército de malos de cuentos de hadas para hacerse con el trono. Pero Fiona y su madre, la reina Lillian, han reunido a numerosas heroínas de cuentos de hadas para defender el feliz reino. Mientras Shrek, Asno y el Gato con Botas se esfuerzan en convertir al pelmazo de Artie en futuro rey, Fiona y las princesas se afanan en detener al Príncipe Azul para que haya un reino que gobernar.

Todo comienza cuando Ella de Frell recibe un "don" del hada madrina al nacer - el don de la perfecta obediencia. Ella se ve obligada a hacer todo lo que le piden -aunque sea algo absurdo o peligroso- y apenas puede controlar su vida. Las cosas se ponen feas cuando el padre de Ella se vuelve a casar, ya que se encuentra de repente con una malvada madrastra llamada Dama Olga, y dos siniestras hermanastras, Hattie y Olive, a las que les encanta observar cómo Ella obedece a todas sus peticiones en la "Galería Frell". Pero Ella decide independizarse y liberarse del hechizo que la aprisiona de una vez por todas. Ella emprende una búsqueda que le hace atravesar los bosques más peligrosos y oscuros del Reino, donde encontrará un compañero de viaje, el travieso Duende en su viaje al espectacular castillo del Rey. En el camino se cruza con el idolatrado Príncipe Char, que tiene esa pinta del típico adolescente medieval, y con el que acabará viviendo un verdadero cuento de hadas y al que rescatará por amor. Pero sobre todo, Ella descubrirá su poder para luchar por lo que realmente quiere.