John Blackthorne, un navegante inglés que naufraga en la costa de Japón. Al ser rescatado se convierte en testigo de la peligrosa lucha de Toramaga, un señor feudal que pretende ser Shogun, el máximo dictador militar. Paralelamente Blackthorne va a encontrarse irresistiblemente atraído por la confusión y decide ser el primer "Gai-Jin" (extranjero) que se convierta en un guerrero samurai.