En un mundo en el que los vehículos aéreos se adelantaron a la revolución industrial, Claus y Lavi se ganan la vida trabajando como mensajeros gracias a un viejo y destartalado vanship que sus padres les dejaron como herencia. La vida de los dos muchachos cambiará para siempre cuando salvan la vida a una misteriosa niña llamada Alvis en el transcurso de una accidentada carrera. Tras aceptar el encargo de escoltarla hasta la legendaria nave de combate Silvana, el dúo de pilotos se ve atrapado en una guerra a gran escala entre las dos grandes superpotencias que dominan el mundo.

Tras sortear infinidad de peligros, Spike y el resto de la tripulación del Bebop al fin comprenden que en el espacio nadie puede oir sus gritos. Una entidad de origen desconocido se ha introducido en la nave y uno por uno va acabando con todos los tripulantes. Mientras tanto, la sociedad del Dragón Rojo y el rebelde Vicious mantienen una débil tregua que muy pronto afectará a las vidas de Spike y todos aquellos que le rodean. Una vez fueron los mejores amigos, pero ahora Vicious y Spike han jurado un odio eterno que les llevará a un enfrentamiento final de imprevisibles consecuencias.