John Blackthorne, un navegante inglés que naufraga en la costa de Japón. Al ser rescatado se convierte en testigo de la peligrosa lucha de Toramaga, un señor feudal que pretende ser Shogun, el máximo dictador militar. Paralelamente Blackthorne va a encontrarse irresistiblemente atraído por la confusión y decide ser el primer "Gai-Jin" (extranjero) que se convierta en un guerrero samurai.

Durante la Segunda Guerra Mundial, un comando de élite tiene la misión de rescatar a un general americano retenido por los nazis. El grupo deberá lanzarse en paracaídas sobre Alemania y llegar a un inaccesible castillo bávaro donde se encuentra el prisionero. Pero hay un traidor en el grupo...