Peter Pan ha crecido y se ha convertido en Peter Banning, un importante abogado que trabaja demasiado y apenas pasa tiempo con sus dos hijos. Peter no recuerda nada de su infancia, tan sólo que fue criado por Wendy, la abuela de su esposa Moira. Durante una visita a Wendy, los niños son raptados por el Capitán Garfio, el eterno rival de Peter Pan, que lleva mucho tiempo esperando poder medir de nuevo sus fuerzas. Con la ayuda del hada Campanilla, Peter pan regresa al País de Nunca Jamás, escenario de su infancia, donde deberá aprender de nuevo a volar para luchar con Garfio y poder liberar a sus hijos.

La película empieza en los cielos de la ciudad de Nueva York, cuando el descomunal dirigible Hindenburg III atraca en lo más alto del Empire State Building, el puerto de escala más alto del mundo. Nubes de tormenta rugen en el cielo y una espesa capa de nieve cubre la ciudad. De pronto, una inquietante noticia irrumpe en la pantalla: científicos famosos de todo el mundo están desapareciendo misteriosamente. Cuando unos mortales y gargantuescos robots asaltan las calles de la ciudad, destrozando vehículos y derribando edificios a su paso, la reportera del Chronicle Polly Perkins emprende la investigación de los sucesos con la ayuda de su antiguo amor, el diestro y temerario as de la aviación H. Joseph Sullivan, más conocido como Sky Captain.