Alex el león es el rey de la selva urbana: es la atracción estelar del zoo neoyorquino de Central Park. Como sus mejores amigos, Marty la cebra, Melman la jirafa y Gloria la hipopótamo, Alex ha pasado toda su vida en feliz e ignorante captividad, bien alimentado y en una jaula con excelentes vistas al parque. No contento con su vida, Marty se deja llevar por la curiosidad y con ayuda de unos prodigiosos pingüinos, escapa del zoo para conocer mundo, con la intención de volver antes de que se haga de día. Alex, Melman y Gloria descubren su fuga y deciden salir en su busca antes de que alguien se de cuenta de su desaparición. Incluso en una ciudad como Nueva York, no deja de llamar la atención ver a un león, una jirafa y un hipopótamo andando por la calle y montando en metro. Los tres amigos consiguen encontrar a Marty en la estación Central, pero antes de que puedan volver al zoo los capturan y los embarcan con rumbo a África. Los pingüinos sabotean el crucero y los cuatro amigos aparecen en una playa de la exótica isla de Madagascar. Estos nativos de Nueva York deben aprender a sobrevivir en estado silvestre; es entonces cuando comprenden el sentido de la expresión "el mundo de ahí fuera es una jungla".

Tras haberse enfrentado a un dragón con aliento de fuego y al malvado Lord Farquaad para conseguir la mano de la princesa Fiona, Shrek debe afrontar su mayor reto: sus suegros. Shrek y Fiona regresan de su luna de miel y aceptan la invitación de visitar a los padres de la princesa, el rey y la reina del Reino de Muy Muy Lejos. Asno les acompaña en el viaje. Todos los súbditos del Reino acuden a saludar a su princesa, y los monarcas esperan con expectación la vuelta a casa de su hija y del nuevo príncipe. Pero no estaban preparados para ver el aspecto de su yerno, por no mencionar lo mucho que su pequeña había ... bueno... había cambiado. Shrek y Fiona no se imaginan que su boda ha arruinado los planes que el rey tenía para ella... y para sí mismo. El rey debe asegurarse los servicios de una poderosa Hada Madrina, de un atractivo Príncipe Azul y del famoso matador de ogros Gato con Botas para cumplir su versión personal del "y fueron felices para siempre".

Lord Farquaad was eaten by the dragon, but his ghost has returned, and he's still evil. With the help of his henchman, Thelonious, he kidnaps Fiona. Shrek and the donkey set out to save her, with help from the dragon, before she goes over a waterfall on a raft.