La historia empieza en Dorchester, un barrio obrero de Boston, en el que las sucias calles están pobladas de familias destrozadas y sueños rotos. Aquí es donde la pequeña Amanda McCready de 4 años ha desaparecido sin dejar huella. La policía no ha conseguido ni una sola pista, así que los desesperados tíos de Amanda suplican a los investigadores privados Patrick Kenzie y Angie Genarro que acepten el caso.

El detective Alex Cross debe unir sus fuerzas con la agente del Servicio Secreto, Jezzie Flannigan, para atrapar a un peligroso criminal, Gary Soneji, que busca notoriedad en sus actos. Quiere que sus crímenes se recuerden y sean considerados los más importantes y difíciles de resolver. Para ello va tejiendo un plan para cumplir con su propósito y arrastrar a Cross hacia él con el objetivo de hacerle caer en su trampa. Esta trampa es comparable a la tela que las arañas crean para atrapar a sus víctimas y a sus perseguidores. Todo se iniciará con el secuestro de la hija de un senador. Cuando todos creen que se trata del típico caso secuestro-rescate, la niña vuelve a aparecer. El caso, pues, acaba de empezar puesto que este hecho es sólo el inicio de un maquiavélico plan que puede llegar a afectar a las máximas instancias del país.

El agente Raphael Deed (LL Cool J), un policía novel de la unidad policial de élite, y su veterano compañero, el sargento Francis Lazerov (Dylan McDermott), llevan a cabo una redada en el escondrijo de Rook (Garfield Wilson), un experimentado matón, y su compañero novato, Isaiah (Damien Dante Wayans), y les atrapan en posesión de cocaína, dinero en efectivo y armas. Los agentes requisan el alijo y advierten a los delincuentes que mantengan la boca cerrada. No obstante, Rook se resiste, así que Lazerov se ve obligado a dispararle. También está a punto de matar a Isaiah, pero Deeds le detiene. Haber salvado la vida le costará a Isaiah hacer de cabeza de turco y pasar por el asesino de Rook ante la justicia.

A Slevin la vida no le va nada bien. Acaban de declarar ruinosa su casa y ha encontrado a su novia en la cama con otro hombre. En un intento de desconectar de todo y salir de Los Angeles una temporada, toma prestado el apartamento de su amigo Nick Fisher en Nueva York. Pero las cosas sólo están a punto de empeorar. En el oculto mundo de los criminales neoyorquinos, los dos mafiosos más respetados y temidos son El Rabino y El Jefe. Anteriormente socios y actualmente enemigos acérrimos, los dos gángsteres viven atrincherados en sus fortalezas, una frente a la otra. A pesar de su poder, los dos están prisioneros de su propia paranoia ya que llevan 20 años sin salir de sus particulares reinos.

Las lluvias torrenciales han convertido la localidad de Huntingburg en un caos. Totalmente sumergida bajo el agua, la ciudad es evacuada por el sheriff. Lo que este no sabe, es que no lejos de allí, una banda de atracadores está planeando asaltar el furgón blindado que transporta la totalidad de los fondos locales y que también ha quedado atrapado por las aguas. A partir de ese momento se desarrolla una caza humana, en la que están implicados los atracadores, los conductores del furgón y una joven, cuya intención es salvar de la catástrofe la histórica Iglesia del lugar.