Jean Baptiste Grenouille nació en mitad del hedor de los restos de pescado de un mercado y fue abandonado por su madre en la basura. La autoridad se hizo cargo del bebé que fue de hospicio en hospicio y sentenció a su madre a la horca. El chico creció en un ambiente hostil, nadie le quería e incluso sus compañeros intentaron asesinarle y todo porque había algo que lo hacía diferente: no tenía olor. A cambio, Jean Baptiste poseía un olfato excepcional. A los 20 años, después de trabajar en una curtidería, consigue trabajar para el perfumero Bandini, el que le enseña a destilar esencias. Pero él quería atrapar otros olores, el olor del cristal, del cobre... y sobretodo el olor de ciertas mujeres. A cambio de centenares de fórmulas de perfumes con los que Bandini se enriqueció, le escribió una carta de recomendación para aprender el arte de "enfleurage" en la capital mundial del perfume: Grasse. Una vez allí, consigue su objetivo, un perfume cuyos ingredientes son la esencia de jóvenes muchachas de la ciudad, a las cuales debía matar y mutilar para obtenerla. Trece esencias para componer un perfume que todo aquel que lo olía sentía el inevitable impulso de amar con lujuria, enajenados, como hipnotizados. Finalmente, cuando llegó a Paris, despertó tanta pasión que su cuerpo desapareció entre la multitud entre golpes y mordiscos.

Esteban Trueba, un humilde minero de fuerte carácter, consigue escapar de su destino al comprar una gran hacienda abandonada, que reconstruye completamente, y al casarse con Clara, la bella hija de un adinerado político conservador, se instalan allí. Clara es una mujer misteriosa, con inexplicables poderes mágicos y una particular relación con Férula, la hermana de Esteban.

Berlín, abril de 1945. Una nación está a punto de sufrir su hundimiento. Una encarnizada batalla se libra en las calles de la capital. Hitler y su círculo de confianza se han atrincherado en el búnker del Führer. Entre ellos se encuentra Traudl Junge, secretaria personal de Hitler. En el exterior, la situación se recrudece. A pesar de que Berlín ya no puede resistir más, el Führer se niega a abandonar la ciudad. Mientras el sangriento peso de la guerra cae sobre sus últimos defensores, Hitler prepara su despedida final. Horas antes de suicidarse juntos, él y Eva Braun contraen matrimonio. Sus cadáveres deben ser incinerados para que no caigan en manos del enemigo. Muchos otros optan por el suicidio. Cuando la situación se hace insostenible, Magda Goebbels envenena a sus seis hijos y seguidamente su esposo y ella se quitan la vida. Poco después, Traudl Junge y otros supervivientes consiguen escapar en el último momento...