Cuando Shrek se desposó con la princesa Fiona, nunca pensaron en convertirse en los futuros monarcas del Reino de Lejos, Muy Lejos. Pero cuando el Rey Harold, su suegro, enferma, Shrek se ve obligado a buscar un heredero a la altura o tendrá que intercambiar su amado pantano por el trono. Con la ayuda de Asno y del Gato con Botas, Shrek parte a la búsqueda del legítimo heredero de la corona, el rebelde Artie, primo de Fiona. Entretanto, en Lejos, Muy Lejos, el despechado Príncipe Azul intenta tomar la ciudad con un ejército de malos de cuentos de hadas para hacerse con el trono. Pero Fiona y su madre, la reina Lillian, han reunido a numerosas heroínas de cuentos de hadas para defender el feliz reino. Mientras Shrek, Asno y el Gato con Botas se esfuerzan en convertir al pelmazo de Artie en futuro rey, Fiona y las princesas se afanan en detener al Príncipe Azul para que haya un reino que gobernar.

Mulan es una joven china, hija única de la familia Fa, que en lugar de buscar novio como el resto de sus amigas, se esfuerza por entrar en el Ejército para evitar que su anciano padre sea llamado a filas para defender al Emperador del acoso de los Hunos. Cuando el emisario imperial ordena que los varones de todas las familias se alisten en sus tropas, Mulan se hará pasar por soldado y se someterá a un duro entrenamiento hasta hacerse merecer la estima y la confianza del resto del escuadrón.

La tranquila vida de Shrek, un ogro enorme, se ve alterada con la visita de un grupo de personajes de cuento, que han sido expulsados de su reino por el malvado Lord Farquaad. Para acabar con esta situación, llegará a un acuerdo con el villano: rescatará a la bella princesa Fiona a cambio de que éste permita al lobo, los tres cerditos y demás personajes regresar a su hogar.

Tras haberse enfrentado a un dragón con aliento de fuego y al malvado Lord Farquaad para conseguir la mano de la princesa Fiona, Shrek debe afrontar su mayor reto: sus suegros. Shrek y Fiona regresan de su luna de miel y aceptan la invitación de visitar a los padres de la princesa, el rey y la reina del Reino de Muy Muy Lejos. Asno les acompaña en el viaje. Todos los súbditos del Reino acuden a saludar a su princesa, y los monarcas esperan con expectación la vuelta a casa de su hija y del nuevo príncipe. Pero no estaban preparados para ver el aspecto de su yerno, por no mencionar lo mucho que su pequeña había ... bueno... había cambiado. Shrek y Fiona no se imaginan que su boda ha arruinado los planes que el rey tenía para ella... y para sí mismo. El rey debe asegurarse los servicios de una poderosa Hada Madrina, de un atractivo Príncipe Azul y del famoso matador de ogros Gato con Botas para cumplir su versión personal del "y fueron felices para siempre".

Lord Farquaad was eaten by the dragon, but his ghost has returned, and he's still evil. With the help of his henchman, Thelonious, he kidnaps Fiona. Shrek and the donkey set out to save her, with help from the dragon, before she goes over a waterfall on a raft.