Ayudado por su amigo Doc, Marty McFly viaja de nuevo en la máquina del tiempo para ayudar a su hijo en el futuro. Pero las cosas se complicarán esta vez, ya que el malvado Biff del año 2015 se hace con un manual deportivo que recoge los resultados de todas las competiciones entre 1950 y 2000, entregándoselo a su otro yo del año 1955. Cuando Marty regresa a su línea temporal habitual, en 1985, las cosas han cambiado bastante.

Ayudado por su amigo Doc, Marty McFly viaja de nuevo en la máquina del tiempo para ayudar a su hijo en el futuro. Pero las cosas se complicarán esta vez, ya que el malvado Biff del año 2015 se hace con un manual deportivo que recoge los resultados de todas las competiciones entre 1950 y 2000, entregándoselo a su otro yo del año 1955. Cuando Marty regresa a su línea temporal habitual, en 1985, las cosas han cambiado bastante.

Doc tiene el coche-máquina del tiempo averiado, y está prisionero en la época del salvaje oeste. Por su parte, Marty McFly está en 1995 y acaba de encontrar una carta escrita por Doc en 1885. En ella, Doc le pide que arregle el coche, pero que no vaya a rescatarlo pues se encuentra muy bien en el pasado. Sin embargo el muchacho irá en su búsqueda cuando descubre una vieja tumba en la que lee que su amigo murió en 1885.

Alex el león es el rey de la selva urbana: es la atracción estelar del zoo neoyorquino de Central Park. Como sus mejores amigos, Marty la cebra, Melman la jirafa y Gloria la hipopótamo, Alex ha pasado toda su vida en feliz e ignorante captividad, bien alimentado y en una jaula con excelentes vistas al parque. No contento con su vida, Marty se deja llevar por la curiosidad y con ayuda de unos prodigiosos pingüinos, escapa del zoo para conocer mundo, con la intención de volver antes de que se haga de día. Alex, Melman y Gloria descubren su fuga y deciden salir en su busca antes de que alguien se de cuenta de su desaparición. Incluso en una ciudad como Nueva York, no deja de llamar la atención ver a un león, una jirafa y un hipopótamo andando por la calle y montando en metro. Los tres amigos consiguen encontrar a Marty en la estación Central, pero antes de que puedan volver al zoo los capturan y los embarcan con rumbo a África. Los pingüinos sabotean el crucero y los cuatro amigos aparecen en una playa de la exótica isla de Madagascar. Estos nativos de Nueva York deben aprender a sobrevivir en estado silvestre; es entonces cuando comprenden el sentido de la expresión "el mundo de ahí fuera es una jungla".