La historia empieza en Dorchester, un barrio obrero de Boston, en el que las sucias calles están pobladas de familias destrozadas y sueños rotos. Aquí es donde la pequeña Amanda McCready de 4 años ha desaparecido sin dejar huella. La policía no ha conseguido ni una sola pista, así que los desesperados tíos de Amanda suplican a los investigadores privados Patrick Kenzie y Angie Genarro que acepten el caso.

El catedrático y afamado simbologista Robert Langdon se ve obligado a acudir una noche al Museo del Louvre, cuando el asesinato de un conservador deja tras de sí un misterioso rastro de símbolos y pistas. Con su propia vida en juego, Langdon, ayudado por la criptógrafa de la policía Sophie Neveu, descubre una serie de asombrosos secretos ocultos en la obra de Leonardo Da Vinci, secretos que apuntan todos a una sociedad secreta encargada de custodiar un antiguo secreto que ha permanecido oculto durante dos mil años.

Rose, desesperada por encontrar una cura para la misteriosa enfermedad de su hija Sharon, rehúsa ingresar a la niña en una institución psiquiátrica a pesar de las recomendaciones de los médicos, y decide huir a SILENT HILL, un pueblo del que su hija habla constantemente en sueños. A pesar de que su marido Christopher se opone al viaje, Rose está convencida de que la respuesta se encuentra en este misterioso lugar. Al aproximarse al pueblo desierto, una misteriosa figura se alza en medio de la carretera. Rose, para no atropellarla, tiene un accidente. Cuando vuelve en sí, Sharon ha desaparecido. A partir de ese momento, acompañada por una agente de policía, empieza una búsqueda desesperada en Silent Hill para encontrar a su hija.

En esta casa hay algo... Algo oscuro y muy antiguo que permanece inmóvil, escondido y en silencio. Sólo espera, agazapado en la penumbra durante años, trazando planes. De hecho, su medio es la oscuridad. Sólo en ella puede manifestarse y desplazarse. E incluso toma su nombre.