Bourne es un hombre sin país y sin pasado. Después de ser sometido a un brutal entrenamiento del que no recuerda nada por personas a las que no consigue identificar, se convirtió en una sofisticada arma humana, y ahora se ha convertido en el objetivo más escurridizo de la CIA. Desde que le encontraron flotando en el mar Mediterráneo italiano hace varios años, inició una búsqueda desesperada para saber quién es y quién le enseñó a matar.

Hace dos años Jason Bourne pensaba haber dejado atrás su pasado. Pero ahora ese pasado vuelve a por él. Bourne y Marie han mantenido una existencia anónima y clandestina, al precio de una movilidad permanente. Impulsado por pesadillas fragmentarias y atormentado por un pasado que no acaba de recordar, Bourne traslada a Marie de una ciudad a otra, tratando de ir un paso por delante de una amenaza implícita en cada mirada de una persona extraña, en cada llamada telefónica "equivocada"... temiendo a cada segundo que, sin previo aviso, vuelva a verse inmerso en ese mundo que espera haber dejado atrás.

Ya entrada la noche, en un barrio obrero de las afueras de Nueva Jersey, una mujer ensangrentada llega, tambaleándose y aturdida, hasta la sala de urgencias del Centro Médico de Dempsy. Tras someterla a un tratamiento para curarle la conmoción y la histeria, Brenda Martin explica al comisario de policía de Dempsy, Lorenzo Council, la terrible historia de cómo le han robado el coche en el terreno aislado y sin urbanizar que separa las viviendas de protección oficial de Dempsy del barrio obrero de Gannon, donde ella vive; afirma que un hombre de raza negra la forzó a salir del coche. Sin embargo, durante el interrogatorio, Council sospecha que le faltan datos y, tras varias horas de interrogatorio, finalmente, Brenda se derrumba y confiesa que Cody, su hijo de cuatro años, estaba durmiendo en el asiento trasero del coche robado.

El ’nota’ es un hombre fracasado y en paro que un día es confundido con otra persona con su mismo nombre. Dos matones irrumpen en su apartamento y destrozan su alfombra creyendo que están ante el Gran Lebowski, un millonario de Pasadena. El primer error de el ’nota’ es visitar a su opulento tocayo con la esperanza de que le reponga su vieja alfombra. A partir de ese momento él y su amigo Walter se meterán en un lío que incluye la extorsión, una niña rica secuestrada y un buen montón de dinero tras el cual va todo el mundo.

La película empieza en los cielos de la ciudad de Nueva York, cuando el descomunal dirigible Hindenburg III atraca en lo más alto del Empire State Building, el puerto de escala más alto del mundo. Nubes de tormenta rugen en el cielo y una espesa capa de nieve cubre la ciudad. De pronto, una inquietante noticia irrumpe en la pantalla: científicos famosos de todo el mundo están desapareciendo misteriosamente. Cuando unos mortales y gargantuescos robots asaltan las calles de la ciudad, destrozando vehículos y derribando edificios a su paso, la reportera del Chronicle Polly Perkins emprende la investigación de los sucesos con la ayuda de su antiguo amor, el diestro y temerario as de la aviación H. Joseph Sullivan, más conocido como Sky Captain.