El túnel que une Manhattan con Nueva Yersey está atiborrado de pasajeros. De repente, este nudo urbano se convierte en una trampa mortal debido a una accidente de tráfico que provoca una devastadora explosión, dejando a un grupo de pasajeros atrapados.

Inspector de la Brigada de Homicidios de Nueva York, Block es un hombre viudo que vive con sus dos hijas y que investiga una serie de asesinatos sexuales, obra de un sádico que tiene preferencias por las mujeres de vida airada a las que sujeta con esposas.

David Kujan, un agente especial que trabaja para el servicio de aduanas de EEUU, está investigando las consecuencias de un incendio a bordo de un barco en el puerto de San Pedro de Los Ángeles, con un balance de 27 víctimas mortales, todas aparentemente asesinadas. La única fuente de información de Kujan es Roger Kint, un estafador lisiado que sobrevivió al incendio.

Ellen Ripley murió luchando con el perfecto depredador, el alien de la tercera entrega de la serie. Doscientos años después y tras ocho espeluznantes experimentos genéticos, Ripley vuelve a la vida gracias a un grupo de científicos que la ha clonado con un objetivo concreto, recuperar a la reina alien que estaba engendrando antes de morir. Pero la clonación de Ripley está llena de sorpresas para sus creadores y pronto el terror se apodera de la nave. Una vez más, ella será la única capaz de hacerle frente, con la ayuda de una banda de contrabandistas que tienen intereses particulares en el experimento.