Bourne es un hombre sin país y sin pasado. Después de ser sometido a un brutal entrenamiento del que no recuerda nada por personas a las que no consigue identificar, se convirtió en una sofisticada arma humana, y ahora se ha convertido en el objetivo más escurridizo de la CIA. Desde que le encontraron flotando en el mar Mediterráneo italiano hace varios años, inició una búsqueda desesperada para saber quién es y quién le enseñó a matar.

Hace dos años Jason Bourne pensaba haber dejado atrás su pasado. Pero ahora ese pasado vuelve a por él. Bourne y Marie han mantenido una existencia anónima y clandestina, al precio de una movilidad permanente. Impulsado por pesadillas fragmentarias y atormentado por un pasado que no acaba de recordar, Bourne traslada a Marie de una ciudad a otra, tratando de ir un paso por delante de una amenaza implícita en cada mirada de una persona extraña, en cada llamada telefónica "equivocada"... temiendo a cada segundo que, sin previo aviso, vuelva a verse inmerso en ese mundo que espera haber dejado atrás.

Mientras el terrorista Castor Tray permanece en coma, el agente del FBI Sean Archer decide tomar su identidad con el fin de saber dónde está escondida una importante arma biológica. Lo que no sospecha es que el terrorista va a escapar con el rostro del propio Sean Archer.