Cada mañana en el Central Park de Nueva York, Babe Levy, un joven judío, estudiante de historia de la universidad de Columbia, se entrena para correr el Marathon. Este entrenamiento le hace entablar amistad con una joven estudiante suiza, Elsa Opel. Por otro lado, Christian Szell, un célebre criminal de guerra nazi, apodado "El ángel blanco", y refugiado en Uruguay, llega a Nueva York para asistir al entierro de su hermano Klaus, fallecido en un accidente de circulación. Babe encuentra muerto a su hermano Doc, asesinado en su apartamento, tras la llegada de Szell a la ciudad. Poco después, Karl y Erhardt, cómplices de Szell en el asesinato de Doc, que estaba realizando una investigación sobre los criminales nazis escondidos por el mundo bajo personalidades dispares, - cosa que Babe desconocía-, empiezan a acosarle. Szell le somete a crueles torturas físicas para arrancarle unos supuestos secretos que Babe no posee. En un determinado momento, Babe logra escapar de sus torturadores y emprende la huida gracias a su excelente forma física, descubriendo que Janeway, el jefe de Doc, y Elsa, trabajan en colaboración con Szell... Tras la muerte de todos los cómplices, Babe recupera la pista de Szell, que ha acudido a Nueva York para recuperar un tesoro de guerra que poseía Klaus.

Cumpliendo la última voluntad de su abuela, Karen viaja hasta la casa familiar en la que creció, ahora una mansión aislada y en ruinas, para venderla. Pero pronto se da cuenta de que no está sola en la casa: en una cabaña junto a los establos, vive Pierce un guardés extraño y misterioso. De repente Karen se encuentra atrapada en una casa que encarna sus miedos más profundos que la obligarán a cruzar la línea entre los malos recuerdos y la mortal realidad.

Danny Wright también se halla en Ciudad de Méjico por negocios, aunque se trata de un tipo de negocios plenamente distinto. Danny vive en Denver con su esposa Bean, y aunque puede que financieramente acusen problemas, entre ellos hay una sensualidad juvenil que contradice diez años de matrimonio. Danny atiende en Ciudad de Méjico una oportunidad de negocio cuyo resultado podría constituir la diferencia entre poder solventar todos sus problemas financieros o caer en una deuda e inseguridad todavía mayores.

La guerra épica entre el hombre y la máquina alcanza un tremendo clímax: el ejército de Zion, ayudado por valerosos voluntarios civiles como Zee y el Chico, lucha desesperadamente para contener la invasión de los Centinelas mientras el ejército de las Máquinas se adentra en su fortaleza. Enfrentándose a la aniquilación total, los ciudadanos del último bastión de humanidad luchan no sólo por sus propias vidas, sino también por el futuro de la humanidad.