En el año 2029 la sociedad está computerizada hasta límites insospechados, es un mundo gobernado por la tecnología. Uno de los mayores avances consiste en unos implantes cerebrales que convierten a los seres humanos en auténticas computadoras andantes. De esta manera, se produce una fusión entre la conciencia y los programas insertados que dan paso a lo que se conoce como "espíritu": un nuevo paso evolutivo que, sin embargo, despersonaliza por completo a las personas. En este mundo futuro apenas existe diferencia entre humanos y máquinas. Uno de estos humanos con "espíritu" incorporado es Makoto Kusanagi, una agente secreto especializada en actividades anti-terroristas que tiene como misión cazar a un peligroso pirata informático. Cuando descubra su verdadera identidad, su vida y todo lo que conoce cambiará para siempre..

Tras escapar del psiquiátrico en El silencio de los Corderos, el doctor Lecter se refugia en Florencia, donde forma parte de la junta de conservadores del Palazzo Vecchio. Hannibal ha aprendido a controlar sus instintos caníbales, pero es descubierto por el inspector Rinaldo Pazzi, quien le vende a Mason Werger, un antiguo paciente y a la vez víctima del doctor Lecter. Mason desea vengarse y para sacar a Lecter de su escondite recurre a su único punto débil: Clarice Starling.

El expeditivo Harry Callahan se enfrenta a un peligroso grupo terrorista autodenominado Acción Revolucionaria del Pueblo, que provoca atentados indiscriminados en San Francisco. El secuestro del alcalde moviliza a Harry ’el sucio’, que desarticula toda la banda a base de sus heterodoxos métodos, para asombro de su compañera, una agente a la que le enseñaron que la ley está para que sea respetada.

En esta ocasión, Callahan y su colega, Early Smith, siguen la pista a los autores de una serie de asesinatos, cuyas víctimas son criminales, que de una u otra manera, han conseguido burlar a los tribunales. Callahan y Smith sospechan que se trata de grupo organizado de jóvenes policías, dirigido por las altas jerarquías policiales y políticas, cuyo objetivo es limpiar la ciudad...

Harry Callahan es un duro policía que se ha criado en la calle, al que sus compañeros llaman Harry el sucio por sus particulares métodos de luchar contra el crimen y porque siempre se encarga de los trabajos menos deseados. En San Francisco, un tirador ha matado ya a dos personas.