El misterio y la acción alcanzan límites inimaginables en la espectacular Tercera Temporada de Alias. El agente especial Sydney Bristow se adentra en un nuevo mundo de intriga nada más arrancar el primer episodio, y su vida se complica mientras la acción se acelera hasta el último segundo de esta temporada.

Cuando Jesse y Celine se conocieron en un tren Eurail, la conexión que se estableció entre ellos fue inmediata y profunda. La relación de 14 horas que siguió, mientras la pareja exploraba lo espontáneo y lo inesperado en Viena, terminó en el andén de una estación de tren, donde juraron que se volverían a ver seis meses más tarde. Han pasado nueve años desde aquella mañana. En la última parada de su gira de promoción, en los últimos minutos de una presentación en una librería de París, Jesse ve a Celine mirando desde el fondo de la sala. Ella vive en París ahora, él en Nueva York. Él se va en avión esa noche y aprovechan cada momento, dándose cuenta de que su conexión vital no es menos inspiradora o real de lo que fue hace nueve años en Viena.

Después de la rendición del indio Jerónimo, las guerras apaches parecen haber llegado a su fin. Sin embargo, la conducta de las tropas hace cambiar de opinión al último de los cabecillas aún libres, Massai, un hombre hasta entonces pacífico y partidario de pactar con los blancos. Ahora, convencido de que la fuerza es el único modo de defender sus derechos y los de su tribu, se lanza a la guerra, desencadenando a su paso el pánico y la destrucción, iniciando de nuevo una campaña bélica en la que se suceden los más feroces enfrentamientos.

Una popular presentadora se marcha a descansar al campo después de presenciar la muerte de su atacante. Sin embargo, pronto descubre que en el lugar residen unas personas extrañas.

Joe y Terry han escapado de la prisión dejando el caos, robando bancos, autos destruidos, etc. Su destino cambia cuando Kate, quien está también arrancando de su vida diaria se une a ellos y la policía asume que Kate es su rehén y organiza una búsqueda para salvarla de sus captores.