Michael Clayton trabaja para un famoso bufete de Nueva York, aunque no ejerce de abogado. Su especialidad es arreglar las cosas de la manera más limpia y rápida posible. No es ni policía ni abogado, sino la perfecta mezcla entre ambos: el perro guardián, el compañero fiel que siempre obedece y nunca pregunta. La vida de Michael se tambalea cuando su mejor amigo dentro del bufete, Arthur Edens, que durante seis años ha defendido los intereses de Agtek, una importante multinacional agro-química, descubre que un producto de la compañía ha provocado la intoxicación de cientos de granjeros. El comportamiento de Arthur hará peligrar la estabilidad y los intereses tanto del bufete como de la poderosa multinacional. Michael se ve atrapado entre la lealtad a su amigo y el cumplimiento de su deber.

1991: Jack Starks, sargento de los Marines enviados al golfo Pérsico, recibe un disparo casi mortal en la cabeza. Aunque se recupera, padece una amnesia relacionada con el trauma. Cuando sale del hospital no sabe adónde ir porque no tiene parientes, así que decide dirigirse a su Vermont natal. Nueve meses después, mientras hace autostop en una carretera nevada en Vermont, Starks encuentra una furgoneta averiada. La conductora, una mujer borracha y desorientada llamada Jean, y su hija Jackie de ocho años, han estacionado en el arcén. Starks se acerca y se ofrece ayudarles. Jean está demasiado borracha para contestarle así que Starks habla con Jackie y consigue arrancar la furgoneta.

La historia transcurre en un país petrolero del Golfo, donde el joven y reformista príncipe Nasir busca dar un giro a las viejas relaciones comerciales con los Estados Unidos. Nasir, el aparente heredero al trono, acaba de garantizar los derechos de perforación de gas natural -que han pertenecido durante mucho tiempo a Connex, un gigante de la energía en Texas- a una empresa china. Esta transacción supone un duro golpe para Connex y los intereses americanos en la región. Killen, una compañía petrolera menor de Texas, propiedad de Jimmy Pope, acaba de obtener los derechos de perforación en los codiciados yacimientos de Kazajstán. Esto hace que Killen resulte muy atractiva para Connex, que necesita ahora nuevos territorios para mantener su capacidad de producción. Cuando las dos compañías se fusionan, el trato pendiente atrae la atención del departamento de Justicia, y Sloan Whiting, un poderoso bufete de abogados de Washington, es llamado a investigar.