Kyoto. Era de Genji. Año 1863. El Shogunado Tokugawa sigue rigiendo los destinos de un Japón dividido y sometido a la presión de los gobiernos extranjeros. Tras la llegada de la flota de los navíos negros del almirante norteamericano Perry en 1853, las bases del Bakufu, el gobierno del shogun, han empezado a tambalearse. Sólo la fuerza de clanes de asesinos como los Shinsen-Gumi (llamados los Lobos de Mibu) consigue mantener una apariencia de orden en las calles de la capital imperial. Pero día tras día, facciones y clanes organizan revueltas y conspiran, unos para apoyar al Emperador y otros por su propio interés. Entre los conspiradores se encuentran los Ishin Shishi (los “caballeros de alma noble”), que pretender derrocar el Bakufu y traer a Japón una nueva era de paz y prosperidad. Su líder, Kogoro Katsura, ha hecho causa común entre los miembros del Isheh Shishi y los del Kihei-Tai, y se lanza a una guerra clandestina de asesinatos y conspiraciones. Entre los asesinos se encuentra Battosai, el asesino de la espada divina, un hombre pelirrojo, misterioso y taciturno. La juventud de sus ojos se ha perdido en un baño de sangre y brillan como el acero de su katana. Su nombre es legendario: ¡Kehshin Himura, el último samurai! OVA 1: El asesino OVA 2: El gato perdido OVA 3: Solos en la villa de la montaña OVA 4: La cicatriz en forma de cruz OVA 5: El pasar de los años I OVA 6: El pasar de los años II Las cuatro primeras OVAs suceden antes de los capítulos publicados mientras que las dos últimas OVAs son posteriores a dichos capitulos.

La leyenda del último samurai nació cuando tras haber sido uno de los principales artífices del nacimiento de la era Meji, Kenshin prometió no volver a matar y vagabundeó por todo Japón defendiendo a los más débiles con su espada de filo invertido. Pero todas las leyendas tienen un final...