1860. Corrían tiempos de incertidumbre para los Estados Unidos y sus gentes. Enzarzada en una guerra civil, la joven nación se encontraba al borde del caos. Pero los habitantes más pobres de la ciudad de Nueva York, estaban librando otra guerra. Su hogar era el barrio conocido como Five Points, un lugar dejado de la mano de Dios, sucio y repugnante; sin lugar a dudas, uno de los vecindarios más duros y desdichados del mundo. Enclavado entre el puerto de Nueva York, el floreciente distrito comercial de Wall Street, Five Points era un área donde imperaban la miseria y la delincuencia, un auténtico imán para el crimen organizado. Miles de inmigrantes llegaban al muelle de Nueva York en busca del sueño americano. Pero lo que encontraban era una pesadilla. Tenían que enfrentarse a las crueles bandas de "Americanos Nativos", que veían a estos inmigrantes como una amenaza para su sistema de vida y para la democracia que habían conquistado sus ancestros. Un joven inmigrante irlandés intentará vengar la muerte de su padre a manos del líder de los "Americanos Nativos" que se ha convertido en el temible amo y señor de Five Points.

La tranquila vida de Shrek, un ogro enorme, se ve alterada con la visita de un grupo de personajes de cuento, que han sido expulsados de su reino por el malvado Lord Farquaad. Para acabar con esta situación, llegará a un acuerdo con el villano: rescatará a la bella princesa Fiona a cambio de que éste permita al lobo, los tres cerditos y demás personajes regresar a su hogar.

Tras haberse enfrentado a un dragón con aliento de fuego y al malvado Lord Farquaad para conseguir la mano de la princesa Fiona, Shrek debe afrontar su mayor reto: sus suegros. Shrek y Fiona regresan de su luna de miel y aceptan la invitación de visitar a los padres de la princesa, el rey y la reina del Reino de Muy Muy Lejos. Asno les acompaña en el viaje. Todos los súbditos del Reino acuden a saludar a su princesa, y los monarcas esperan con expectación la vuelta a casa de su hija y del nuevo príncipe. Pero no estaban preparados para ver el aspecto de su yerno, por no mencionar lo mucho que su pequeña había ... bueno... había cambiado. Shrek y Fiona no se imaginan que su boda ha arruinado los planes que el rey tenía para ella... y para sí mismo. El rey debe asegurarse los servicios de una poderosa Hada Madrina, de un atractivo Príncipe Azul y del famoso matador de ogros Gato con Botas para cumplir su versión personal del "y fueron felices para siempre".

Lord Farquaad was eaten by the dragon, but his ghost has returned, and he's still evil. With the help of his henchman, Thelonious, he kidnaps Fiona. Shrek and the donkey set out to save her, with help from the dragon, before she goes over a waterfall on a raft.