Bourne es un hombre sin país y sin pasado. Después de ser sometido a un brutal entrenamiento del que no recuerda nada por personas a las que no consigue identificar, se convirtió en una sofisticada arma humana, y ahora se ha convertido en el objetivo más escurridizo de la CIA. Desde que le encontraron flotando en el mar Mediterráneo italiano hace varios años, inició una búsqueda desesperada para saber quién es y quién le enseñó a matar.

Estamos en los años cuarenta. Una joven va a la ciudad costera de Seabrook (Carolina del Norte) para pasar el verano con su familia. Allie Hamilton, todavía adolescente, conoce a un chico local -Noah Calhoun- en la feria. Nada más verla, Noah sabe que él y Allie están destinados a vivir juntos. Aunque ella es de una familia adinerada y él es un pobre trabajador de fábrica, a lo largo de un apasionado verano sureño los dos se enamoran profundamente.

Mientras el terrorista Castor Tray permanece en coma, el agente del FBI Sean Archer decide tomar su identidad con el fin de saber dónde está escondida una importante arma biológica. Lo que no sospecha es que el terrorista va a escapar con el rostro del propio Sean Archer.