Azumi sigue su camino junto al asesino Nagara, el único amigo vivo que le queda. Kanubi, un vengativo samurai cuyo señor fue eliminado por Azumi, ha organizado unas tropas de ninjas entrenados para matar, que intentan acabar con la pareja. Azumi deberá librarse de ellos si quiere hacer frente a su última misión: asesinar a un oficial del gobierno que está causando problemas internos y evitar así una guerra civil en Japón.

En el amanecer de un nuevo milenio, el país está al borde del colapso. El desempleo alcanza ya el 15 % y millones de personas vagan sin empleo. La violencia en la escuela está descontrolada y adolescentes rebeldes protagonizan boicots masivos.