Año 2002, tres años después de los acontecimientos de Patlabor, la segunda sección debe investigar un nuevo y terrible hecho: la voladura del puente de la bahía de Yokohama. Las diferentes fuerzas políticas, militares y sociales se acusan mutuamente de querer provocar el caos en todo Japón. En un ambiente de crispación y comprobada fractura social, el ejército sale a la calle aumentando la temperatura peligrosamente. La segunda sección descubre que detrás de todos estos sucesos se encuentra una confabulación que amenaza con desestabilizar el extremo oriente. El estallido de una nueva guerra civil en Japón es sólo cuestión de tiempo a menos que alguien consiga desenmascarar a los conspiradores.

En el año 2029 la sociedad está computerizada hasta límites insospechados, es un mundo gobernado por la tecnología. Uno de los mayores avances consiste en unos implantes cerebrales que convierten a los seres humanos en auténticas computadoras andantes. De esta manera, se produce una fusión entre la conciencia y los programas insertados que dan paso a lo que se conoce como "espíritu": un nuevo paso evolutivo que, sin embargo, despersonaliza por completo a las personas. En este mundo futuro apenas existe diferencia entre humanos y máquinas. Uno de estos humanos con "espíritu" incorporado es Makoto Kusanagi, una agente secreto especializada en actividades anti-terroristas que tiene como misión cazar a un peligroso pirata informático. Cuando descubra su verdadera identidad, su vida y todo lo que conoce cambiará para siempre..