En el año 2029 la sociedad está computerizada hasta límites insospechados, es un mundo gobernado por la tecnología. Uno de los mayores avances consiste en unos implantes cerebrales que convierten a los seres humanos en auténticas computadoras andantes. De esta manera, se produce una fusión entre la conciencia y los programas insertados que dan paso a lo que se conoce como "espíritu": un nuevo paso evolutivo que, sin embargo, despersonaliza por completo a las personas. En este mundo futuro apenas existe diferencia entre humanos y máquinas. Uno de estos humanos con "espíritu" incorporado es Makoto Kusanagi, una agente secreto especializada en actividades anti-terroristas que tiene como misión cazar a un peligroso pirata informático. Cuando descubra su verdadera identidad, su vida y todo lo que conoce cambiará para siempre..

Estamos en una época donde todas las conciencias se han convertido en una combinación de fotones y electrones, unidos en una gran red. El mundo se encuentra totalmente computerizado, seres humanos con interfaces y cerebros artificiales se funden con máquinas alcanzando un nuevo nivel de existencia entre el mundo físico y la red digital. Los individuos solitarios que aún no han sido convertidos en datos, son componentes únicos de un complejo mucho más grande. Para combatir los crímenes relacionados con las nuevas tecnologías ha sido creada la Sección 9, una fuerza de choque antiterrorista con individuos “mejorados” capaces de perseguir toda clase de criminales tanto en el mundo real como en el virtual.

Sucesos terribles están ocurriendo alrededor de la bahía de Tokio. Los detectives Kusumi y Hata están trabajando en el caso. Su investigación les revelará que los militares japoneses y americanos tienen un papel muy importante en este asunto. Por otro lado, Kusumi empieza a sospechar que la nueva novia de Hata, una bióloga, pueda tener que ver con el caso.