Estamos en una época donde todas las conciencias se han convertido en una combinación de fotones y electrones, unidos en una gran red. El mundo se encuentra totalmente computerizado, seres humanos con interfaces y cerebros artificiales se funden con máquinas alcanzando un nuevo nivel de existencia entre el mundo físico y la red digital. Los individuos solitarios que aún no han sido convertidos en datos, son componentes únicos de un complejo mucho más grande. Para combatir los crímenes relacionados con las nuevas tecnologías ha sido creada la Sección 9, una fuerza de choque antiterrorista con individuos “mejorados” capaces de perseguir toda clase de criminales tanto en el mundo real como en el virtual.

Los Patlabor son robots-policías pilotados por seres humanos que se encargan de velar por la paz y la seguridad. Tras unos años de perfecto funcionamiento en todas las unidades, las noticias de labors descontrolados y con problemas empiezan a alertar a las autoridades de Tokio.

Sucesos terribles están ocurriendo alrededor de la bahía de Tokio. Los detectives Kusumi y Hata están trabajando en el caso. Su investigación les revelará que los militares japoneses y americanos tienen un papel muy importante en este asunto. Por otro lado, Kusumi empieza a sospechar que la nueva novia de Hata, una bióloga, pueda tener que ver con el caso.