Al comenzar la serie los únicos mutantes en el instituto Xavier son el propio Charles Xavier, Wolverine, Tormenta y los jóvenes Cíclope y Jean Grey. Por otra parte, está la mutante Mística que puede cambiar de forma y se hace pasar por directora de la escuela Bayville, trabajando bajo las órdenes de un oscuro mutante llamado Magneto. Los primeros episodios relatan la "guerra fría" entre ambos bandos por localizar mutantes y unirlos a su propio grupo, los X-Men y la Hermandad respectivamente. Al final de la temporada se desata la guerra entre ambos, y Magneto se lleva a los ganadores a su asteroide para "amplificar" sus poderes para combatir a la humanidad. Pero finalmente todos logran escapar y hacer explotar el asteroide. 01 - Estrategia X 02 - Impulso X 03 - Buscando a Picara 04 - Mutante Enamorado 05 - Velocidad y Spike 06 - Medio Universo 07 - El Cambio De Picara 08 - El Documental De Spike 09 - La Ley Del Mas Fuerte 10 - Pasado Oscuro 11 - Doloroso Recuerdo 12 - La Caldera - Parte 1 13 - La Caldera - Parte 2

La historia de Ultimate Vengadores está basada en el primer arco argumental de The Ultimates, en donde se nos presenta al grupo de superhéroes formado por Iron Man, Thor, La Avispa, El Hombre Gigante y Hulk, que se unen a un Capitán América recién rescatado del hielo que le ha aprisonado durante cinco décadas, desde el final de la II Guerra Mundial.