Al comienzo de la historia, un hombre amnésico es rescatado por la tripulación de un barco pesquero italiano cuando flota a la deriva en el mar. No lleva nada consigo, sólo las balas que tiene clavadas en la espalda y un número de cuenta de un banco suizo que lleva adherido a la cadera. Carece de identidad y de pasado, pero posee una serie de talentos extraordinarios en artes linguísticas, marciales y de auto-defensa que sugieren una profesión de alto riesgo. Confuso y desorientado, emprende una frenética búsqueda para descubrir quién es y por qué su vida ha tomado un giro tan peligroso. En una caja de seguridad de Zurich encuentra una colección de pasaportes, una suma considerable de dinero, un arma automática... un nombre, Jason Bourne, y una dirección en París. Todo esto no significa nada para él pero Bourne se da cuenta muy pronto de que aunque él no conozca a nadie, hay gente que sí parece reconocerle y que no le desean nada bueno... Bourne conoce a una vagabunda alemana que atraviesa una mala racha llamada Marie Kreutz y le hace una oferta desesperada: diez mil dólares por llevarle a París. Con reservas, Marie coge el dinero y emprende un viaje con ese hombre que cambiará su vida para siempre. La pista sobre el pasado de Bourne les conduce de Europa al cuartel general de la CIA en Langley, Virginia. Allí descubren la existencia de Treadstone, una controvertida operación clandestina. Mientras Bourne y Marie tratan de permanecer escondidos en Francia, los poderosos responsables de Treadstone harán todo lo posible por encontrar a Bourne y "neutralizarle" cuanto antes.

El padre Lankester Merrin cree que ha vislumbrado el rostro del Mal. En los años posteriores a la Segunda Guerra Mundial, Merrin es implacablemente acosado por los recuerdos de la atroz brutalidad perpetrada contra la gente inocente de su parroquia. Después de todo lo que ha visto, su fe tanto en el prójimo como en el Todopoderoso le ha abandonado. Ya no puede llamarse honestamente un hombre de Dios. Merrin ha viajado lejos de su Holanda natal en un desesperado intento de escapar de los horrores que ha presenciado allí. Mientras camina sin rumbo por El Cairo, es abordado por un coleccionista de antigüedades raras para que se incorpore a una excavación arqueológica británica en la remota región de Turkana en Kenia. Han desenterrado una iglesia bizantina en un estado inexplicablemente perfecto - como si hubiese sido enterrada el día en que se terminó. El coleccionista quiere que Merrin, un arqueólogo educado en Oxford, encuentre una antigua reliquia oculta dentro de la iglesia antes de que la descubran los británicos. Pero bajo la iglesia, algo mucho más antiguo duerme, esperando a ser despertado. La locura se apodera de los aldeanos locales y del contingente de soldados británicos enviados para vigilar la excavación. Merrin observa con impotencia cómo las atrocidades de la guerra se repiten contra otro pueblo inocente - atrocidades que había rogado no volver a presenciar nunca más. La sangre de inocentes fluye copiosamente sobre la llanura del Este de África, y el horror no ha hecho más que empezar. En el lugar en que nació el Mal, Merrin verá finalmente su auténtico rostro.

Berlín, abril de 1945. Una nación está a punto de sufrir su hundimiento. Una encarnizada batalla se libra en las calles de la capital. Hitler y su círculo de confianza se han atrincherado en el búnker del Führer. Entre ellos se encuentra Traudl Junge, secretaria personal de Hitler. En el exterior, la situación se recrudece. A pesar de que Berlín ya no puede resistir más, el Führer se niega a abandonar la ciudad. Mientras el sangriento peso de la guerra cae sobre sus últimos defensores, Hitler prepara su despedida final. Horas antes de suicidarse juntos, él y Eva Braun contraen matrimonio. Sus cadáveres deben ser incinerados para que no caigan en manos del enemigo. Muchos otros optan por el suicidio. Cuando la situación se hace insostenible, Magda Goebbels envenena a sus seis hijos y seguidamente su esposo y ella se quitan la vida. Poco después, Traudl Junge y otros supervivientes consiguen escapar en el último momento...

Historia de Wladyslaw Szpilman, pianista judío polaco, que evita ser deportado, pero termina viviendo en el ghetto de Varsovia. Allí vive los sufrimientos, humillaciones y la lucha de sus correligionarios, hasta que logra huir para refugiarse en las ruinas de la ciudad, fuera del barrio-prisión. Un oficial alemán, amante de su arte, acabará salvándole la vida.