La guerra épica entre el hombre y la máquina alcanza un tremendo clímax: el ejército de Zion, ayudado por valerosos voluntarios civiles como Zee y el Chico, lucha desesperadamente para contener la invasión de los Centinelas mientras el ejército de las Máquinas se adentra en su fortaleza. Enfrentándose a la aniquilación total, los ciudadanos del último bastión de humanidad luchan no sólo por sus propias vidas, sino también por el futuro de la humanidad.

Las Guerras Clon continúan, siendo cada vez más grande el distanciamiento entre el Canciller Supremo Palpatine y el Consejo Jedi. El joven caballero Jedi Anakin Skywalker se encuentra atrapado en el miedo y su lealtad se resquebraja. Seducido por las promesas de poder y las tentaciones del Lado Oscuro, se pone al servicio del malvado Darth Sidious y se convierte en Darth Vader. Juntos, los Lores del Sith ponen en marcha un complot de venganza que empieza con el exterminio de los Jedi.

Los strangers controlan las mentes de todas las personas. John Murdoch es el principal objetivo de la caza humana a la que los STRANGERS someten a todo ser viviente. La razón es muy sencilla, Murdoch tiene la habilidad de resistir a los ataques de estos seres ominosos, debido a una mutación genética. La batalla será cruel y larga.