El legendario héroe militar Francis Hummel y sus hombres toman al asalto la isla de Alcatraz, reteniendo a 81 civiles y amenazando con usar misiles cargados de un gas letal. Sólo un experto en armas químicas y el único convicto que ha logrado escapar se oponen a sus planes. Ambos llegan a la isla intentando organizar sus conocimientos. El antiguo preso es el único que conoce el túnel que llega al centro de la prisión.

Estamos en el año 2035. Tras el azote de un virus asesino que asola la Tierra, los supervivientes se refugian en comunidades subterráneas, húmedas y frías. Cole se ofrece como "voluntario" para viajar al pasado y conseguir una muestra del virus, gracias a la cual los científicos podrán elaborar un remedio. Durante el viaje conoce a una bella psiquiatra y a un excepcional enfermo mental. Cole tratará de encontrar al "Ejército de los 12 Monos", un grupo radical vinculado a la mortal enfermedad.

Paul es un anciano que narra una historia que sucedió hace mucho tiempo, cuando era guardián jefe del corredor de la muerte en la penitenciaría del Sur de EE.UU. Su trabajo consistía en vigilar a cuatro asesinos que esperaban la muerte en la ’Milla verde’, el pasillo de linóleo verde que separa las celdas de los reclusos condenados a la silla eléctrica. Paul conoció a todo tipo de convictos, pero nunca a nadie como John Coffey, un gigantesco negro acusado de asesinar a dos niñas.