El servicio británico se pone en contacto con el arqueólogo Doctor Jones para encargarle una misión apasionante: la localización y recuperación de el Arca de la Alianza.

1935, Indiana Jones huye de unos mafiosos en Shanghai, embarcándose con la cantante de cabaret Willie Scott y un joven pillo llamado Tapón en un vuelo programado para estrellarse en las montañas. Tras escapar por los pelos, el arqueólogo aventurero y sus acompañantes se comprometen a encontrar a los niños secuestrados de una humilde tribu hindú que les ha acogido tras el percance.

Durante una noche de tormenta en el verano de 1839, cincuenta y tres cautivos negros a bordo de un navío español, La Amistad, se rebelaron siguiendo las órdenes de uno de ellos, Cinque, y tomaron el control del barco frente a las costas de Cuba. Tras fracasar en su intento de regresar a su tierra natal, los africanos fueron finalmente detenidos por tropas de los Estados Unidos y encontraron que su destino estaba a merced de un sistema judicial ajeno, en un territorio completamente extraño para ellos.

Peter Pan ha crecido y se ha convertido en Peter Banning, un importante abogado que trabaja demasiado y apenas pasa tiempo con sus dos hijos. Peter no recuerda nada de su infancia, tan sólo que fue criado por Wendy, la abuela de su esposa Moira. Durante una visita a Wendy, los niños son raptados por el Capitán Garfio, el eterno rival de Peter Pan, que lleva mucho tiempo esperando poder medir de nuevo sus fuerzas. Con la ayuda del hada Campanilla, Peter pan regresa al País de Nunca Jamás, escenario de su infancia, donde deberá aprender de nuevo a volar para luchar con Garfio y poder liberar a sus hijos.

En 1938, dos años después de encontrar el Arca de la Alianza, el aventurero y arqueólogo Indiana Jones es convencido por un millonario americano para que se una a éste en la búsqueda del Santo Grial. Aunque lo que realmente le ha obligado a involucrarse en el asunto es la desaparición del anterior aventurero encargado de llevar a cabo la búsqueda: su padre, Henry Jones, con quien ha mantenido una fría relación desde su juventud.