El profesor Sakai, coleccionista de objetos antiguos, es poseído por los demonios del Rayo y el Trueno a través de un viejo pergamino. La Agencia de Defensa e Investigación Paranormal envía a sus agentes para averiguar lo que está pasando. Hellboy encuentra una espada que le transporta directamente a otra dimensión dónde tendrá que enfrentarse a temibles enemigos, que intentaran tomar su espada. Los demonios del Rayo y El Trueno han vuelto para despertar a sus hermanos los dragones, dominar el mundo y arrasar a la raza humana. Todo está en manos de Hellboy, mientras sus compañeros Liz y Abe, perdidos en una isla en medio del océano, luchan contra uno de los dragones..