En un futuro no muy lejano, el mundo se encuentra totalmente computerizado. Seres humanos con interfaces y cerebros artificiales se funden con máquinas alcanzando un nuevo nivel de existencia entre el mundo físico y la red digital. Para combatir los crímenes relacionados con las nuevas tecnologías ha sido creada una fuerza de choque antiterrorista con individuos "mejorados" capaces de perseguir toda clase de criminales tanto en el mundo real como en el virtual. La teniente cyborg Makoto Kusanagi y sus compañeros de la sección 9 deben resolver una delicada crisis de rehénes, detener un tanque de asalto de última generación fuera de control y determinar la causa de los misteriosos suicidios de una serie de robots obsoletos. Todo ello antes de afrontar el desafío sin precedentes del equipo pirata informático conocido como el "hombre que ríe".