Azumi sigue su camino junto al asesino Nagara, el único amigo vivo que le queda. Kanubi, un vengativo samurai cuyo señor fue eliminado por Azumi, ha organizado unas tropas de ninjas entrenados para matar, que intentan acabar con la pareja. Azumi deberá librarse de ellos si quiere hacer frente a su última misión: asesinar a un oficial del gobierno que está causando problemas internos y evitar así una guerra civil en Japón.

Hace ya 3 años que los supervivientes de Battle Royale, Nanahara y Noriko, escaparon de la isla y el mundo sufre ahora una Edad del Terrorismo. El grupo revolucionario capitaneado por Nanahara ha declarado la guerra a todos los adultos, que obligan a los adolescentes a matarse unos a otros bajo la sangrienta ley de BR. Temeroso y desesperado, el gobierno ha dado el paso ahora a la ley antiterrorista del milenio, más conocida como la BR 2. Un autocar de adolescentes de excursión de instituto son secuestrados por el ejército y anillados con el mortífero collar explosivo, Tendrán 72 horas para acabar con Nanahara y su grupo o serán aniquilados de la forma más cruel...

En el amanecer de un nuevo milenio, el país está al borde del colapso. El desempleo alcanza ya el 15 % y millones de personas vagan sin empleo. La violencia en la escuela está descontrolada y adolescentes rebeldes protagonizan boicots masivos.