Las Guerras Clon continúan, siendo cada vez más grande el distanciamiento entre el Canciller Supremo Palpatine y el Consejo Jedi. El joven caballero Jedi Anakin Skywalker se encuentra atrapado en el miedo y su lealtad se resquebraja. Seducido por las promesas de poder y las tentaciones del Lado Oscuro, se pone al servicio del malvado Darth Sidious y se convierte en Darth Vader. Juntos, los Lores del Sith ponen en marcha un complot de venganza que empieza con el exterminio de los Jedi.

Star Wars Clone Wars, relata las aventuras épicas que se desarrollan entre Star Wars Episodio II: El ataque de los clones y Star Wars Episodio III, La venganza de los Sith. Siga a los intrépidos caballeros jedi y a los valientes soldados del ejército de clones de la República en sus enfrentamientos con las fuerzas droides de los separatistas, dirigida por el malvado Lord Sith.

Hace mucho tiempo, en una galaxia muy, muy lejana, el planeta Naboo ha sido ocupado por la Federación de Comercio galáctica. Dos caballeros Jedi han sido enviados como embajadores para mediar en el conflicto, pero descubren que todo es una trampa urdida por el misterioso Darth Sidious, que pretende así debilitar la República de planetas. Consiguiendo rescatar a la reina Amidala hacen escala en Tatooine, un planeta desértico donde pueden arreglar su nave, dañada tras la huida. Allí encuentran a Anakin Skywalker, un niño especialmente dotado que les ayudará en sus propósitos, y a quienes los caballeros Jedi llevarán consigo a la capital de la República, el planeta Corucant, para entrenarle en la disciplina Jedi. Pero el planeta Naboo debe ser liberado antes de las garras de la Federación.

El joven Anakin Skywalker continua su entrenamiento bajo las órdenes de Obi-Wan Kenobi mientras la reina Amidala, ahora senadora en representación de su planeta, sufre un intento de asesinato. Ante la falta de Jedis para garanitzar la seguridad en el universo, el canciller Palpatine confía en los clones de Jango Fett.

La princesa Leia es tomada como rehén por las perversas Fuerzas Imperiales, bajo las órdenes de Darth Vader, con el propósito de sofocar la rebelión contra el Imperio Galáctico.

Tras un ataque sorpresa de las tropas imperiales a las camufladas bases de la alianza rebelde, Luke Skywalker, en compañía de R2-D2, parte hacia el planeta Dagobah en busca de Yoda, el último maestro Jedi, para que le enseñe los secretos de la Fuerza. Mientras, Han Solo, la princesa Leia, Chewbacca, y C-3PO esquivan a las fuerzas imperiales y piden refugio al antiguo propietario del Halcón Milenario, Lando Calrissian, en la ciudad minera de Bespin, donde les prepara una trampa urdida por Darth Vader.

En el espectacular capítulo final de la saga, Luke Skywalker y la princesa Leia deben viajar a Tatooine para liberar a Han Solo. Para conseguirlo, deben infiltrarse en la peligrosa guarida de Jabba the Hutt, el gángster más temido de la galaxia. Una vez reunidos, el equipo recluta a tribus de Ewoks para combatir a las fuerzas imperiales en los bosques de la luna de Endor. Mientras tanto, el Emperador y Darth Vader conspiran para convertir a Luke al lado oscuro, y el joven Skywalker, por su parte, está decidido a reavivar el espíritu del Jedi en su padre. La guerra civil galáctica culmina en un último enfrentamiento entre las fuerzas rebeldes unificadas y una segunda Estrella de la Muerte, indefensa e incompleta, en una batalla que decidirá el destino de la galaxia.