A finales del siglo XIX muchos barcos son atacados por una especie de ballena gigante. El profesor Aronnax, junto a su hija zoóloga y el arponero Ned Land, inicia una expedición para averiguar qué extraño ser es el que ataca. En una embestida caen al mar, siendo recogidos por un submarino al mando del capitán Nemo.

El padre Lankester Merrin cree que ha vislumbrado el rostro del Mal. En los años posteriores a la Segunda Guerra Mundial, Merrin es implacablemente acosado por los recuerdos de la atroz brutalidad perpetrada contra la gente inocente de su parroquia. Después de todo lo que ha visto, su fe tanto en el prójimo como en el Todopoderoso le ha abandonado. Ya no puede llamarse honestamente un hombre de Dios. Merrin ha viajado lejos de su Holanda natal en un desesperado intento de escapar de los horrores que ha presenciado allí. Mientras camina sin rumbo por El Cairo, es abordado por un coleccionista de antigüedades raras para que se incorpore a una excavación arqueológica británica en la remota región de Turkana en Kenia. Han desenterrado una iglesia bizantina en un estado inexplicablemente perfecto - como si hubiese sido enterrada el día en que se terminó. El coleccionista quiere que Merrin, un arqueólogo educado en Oxford, encuentre una antigua reliquia oculta dentro de la iglesia antes de que la descubran los británicos. Pero bajo la iglesia, algo mucho más antiguo duerme, esperando a ser despertado. La locura se apodera de los aldeanos locales y del contingente de soldados británicos enviados para vigilar la excavación. Merrin observa con impotencia cómo las atrocidades de la guerra se repiten contra otro pueblo inocente - atrocidades que había rogado no volver a presenciar nunca más. La sangre de inocentes fluye copiosamente sobre la llanura del Este de África, y el horror no ha hecho más que empezar. En el lugar en que nació el Mal, Merrin verá finalmente su auténtico rostro.