Bourne es un hombre sin país y sin pasado. Después de ser sometido a un brutal entrenamiento del que no recuerda nada por personas a las que no consigue identificar, se convirtió en una sofisticada arma humana, y ahora se ha convertido en el objetivo más escurridizo de la CIA. Desde que le encontraron flotando en el mar Mediterráneo italiano hace varios años, inició una búsqueda desesperada para saber quién es y quién le enseñó a matar.

Hace dos años Jason Bourne pensaba haber dejado atrás su pasado. Pero ahora ese pasado vuelve a por él. Bourne y Marie han mantenido una existencia anónima y clandestina, al precio de una movilidad permanente. Impulsado por pesadillas fragmentarias y atormentado por un pasado que no acaba de recordar, Bourne traslada a Marie de una ciudad a otra, tratando de ir un paso por delante de una amenaza implícita en cada mirada de una persona extraña, en cada llamada telefónica "equivocada"... temiendo a cada segundo que, sin previo aviso, vuelva a verse inmerso en ese mundo que espera haber dejado atrás.

Al comienzo de la historia, un hombre amnésico es rescatado por la tripulación de un barco pesquero italiano cuando flota a la deriva en el mar. No lleva nada consigo, sólo las balas que tiene clavadas en la espalda y un número de cuenta de un banco suizo que lleva adherido a la cadera. Carece de identidad y de pasado, pero posee una serie de talentos extraordinarios en artes linguísticas, marciales y de auto-defensa que sugieren una profesión de alto riesgo. Confuso y desorientado, emprende una frenética búsqueda para descubrir quién es y por qué su vida ha tomado un giro tan peligroso. En una caja de seguridad de Zurich encuentra una colección de pasaportes, una suma considerable de dinero, un arma automática... un nombre, Jason Bourne, y una dirección en París. Todo esto no significa nada para él pero Bourne se da cuenta muy pronto de que aunque él no conozca a nadie, hay gente que sí parece reconocerle y que no le desean nada bueno... Bourne conoce a una vagabunda alemana que atraviesa una mala racha llamada Marie Kreutz y le hace una oferta desesperada: diez mil dólares por llevarle a París. Con reservas, Marie coge el dinero y emprende un viaje con ese hombre que cambiará su vida para siempre. La pista sobre el pasado de Bourne les conduce de Europa al cuartel general de la CIA en Langley, Virginia. Allí descubren la existencia de Treadstone, una controvertida operación clandestina. Mientras Bourne y Marie tratan de permanecer escondidos en Francia, los poderosos responsables de Treadstone harán todo lo posible por encontrar a Bourne y "neutralizarle" cuanto antes.