Las lluvias torrenciales han convertido la localidad de Huntingburg en un caos. Totalmente sumergida bajo el agua, la ciudad es evacuada por el sheriff. Lo que este no sabe, es que no lejos de allí, una banda de atracadores está planeando asaltar el furgón blindado que transporta la totalidad de los fondos locales y que también ha quedado atrapado por las aguas. A partir de ese momento se desarrolla una caza humana, en la que están implicados los atracadores, los conductores del furgón y una joven, cuya intención es salvar de la catástrofe la histórica Iglesia del lugar.

Doc tiene el coche-máquina del tiempo averiado, y está prisionero en la época del salvaje oeste. Por su parte, Marty McFly está en 1995 y acaba de encontrar una carta escrita por Doc en 1885. En ella, Doc le pide que arregle el coche, pero que no vaya a rescatarlo pues se encuentra muy bien en el pasado. Sin embargo el muchacho irá en su búsqueda cuando descubre una vieja tumba en la que lee que su amigo murió en 1885.

Un grupo de colonos, buscadores de oro, se establece en un lugar de California en donde sufren el hostigamiento de los hombres de Lahood, propietario del resto de las explotaciones. Hasta el lugar llega un desconocido que se presenta como predicador y que se pone de parte de los colonos, enfrentándose a los agresores.